Institutionens øverste ledelse er bestyrelsen, som består af en repræsentant fra Grøndalskirken, fire forældrerepræsentanter samt to suppleanter.

Bestyrelsen ansætter Grønnebakkens leder, der sammen med souschefen varetager den daglige drift af institutionen. Ledelsen er ligeledes ansvarlig for, at de overordnede rammer for Grønnebakken efterleves.

De forældrevalgte medlemmer udpeges for to år ad gangen på det årlige forældremøde i efteråret, mens Grøndalskirkens medlem udpeges af menighedsrådet. Bestyrelsen mødes på 4-6 gange årligt på bestyrelsesmøder, hvor også ledelsen og tillidsmanden deltager. Forældre er altid velkomne til at deltage som observatører.